V úpravě vody je chlordioxid znám jako nejúčinnější oxidační prostředek, který je mimo jiné využíván k boji pro Legionelle. Chlordioxid se vyznačuje svým vysokým dezinfekčním účinkem. Sám při vyšší hodnotě pH, kde je snižuje účinek chlorace, vykazuje chlordioxid stále účinnost. Práh účinku je u chlordioxidu vyšší než u chlóru a tímto je u něj delší doba životnosti v potrubní vedení. Chlordioxid je tímto pro široce rozvětvené potrubní instalace vhodnějším.